Nors baltų kalbų tyrinėjimo Varšuvos universitete istorija gana ilga, o lituanistikos specialybė Varšuvos universiteto polonistikos fakultete atidaryta 1988 metais, Varšuvos baltistikos kaip institucijos pradžia laikytini 1990 metai, kai Varšuvos universiteto polonistikos fakultete buvo įsteigta Baltų filologijos katedra (vadovo pareigos patikėtos prof. habil.dr. Wojciechui Smoczyńskiui). 1994 m. Baltų filologijos katedra buvo sujungta su Bendrosios kalbotyros katedra ir taip atsirado Bendrosios kalbotyros ir baltistikos katedra, kuriai vadovavo prof. habil. dr. Jadwiga Sambor, vėliau prof. habil.dr. Romuald Huszcza ir prof. habil.dr. Jadwiga Linde-Usiekniewicz. Dėl restruktūrizacijos 2009 metais Katedra pakeista į Bendrosios, Rytų Azijos lyginamosios kalbotyros ir baltistikos katedrą. (jos pirmasis vedėjas buvo prof. habil. dr. Axel Holvoet, antrasis – prof. habil.dr. Romuald Huszcza), tada išskirtas Baltistikos skyrius, kuriam 2009–2013 m. vadovavo dr. Ana Romančuk, 2013–2014 metais – dr. Inesa Szulska, o nuo 2014 m. – dr. Joanna Tabor.
Studentai į baltistikos studijas priimami nuo 1995 metų. Iš pradžių tai buvo vientisosios magistrantūros studijos, o nuo 2007 m. vyksta priėmimas į I pakopos studijas ir nuo 2010 m. – į II pakopos studijas. 2012 metais studijų programos buvo modifikuojamos pagal Nacionalių kvalifikacijos pamatų reikalavimus.
Katedroje leidžiami žurnalai ir tęstiniai leidiniai: Linguistica Baltica (tarptautinis kalbotyros metraštis, 1992–2002 m.), Baltic Linguistics (tarptautinis kalbotyros metraštis, nuo 2010 m.), Baltica Varsoviensia (monografijos ir straipsnių rinkiniai, nuo 1998 r.), Prace Bałtystyczne. Język, literatura, kultura (straipsnių rinkiniai, nuo 2003 m.).