Mimo że badania bałtystyczne na Uniwersytecie Warszawskim mają dość długą tradycję, zaś specjalizacja lituanistyczna na Wydziałe Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego została otwarta w 1988 r., w sensie instytucjonalnym początki warszawskiej bałtystyki można datować na rok 1990, kiedy to na Wydziale Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego utworzono Katedrę Filologii Bałtyckiej (stanowisko jej kierownika powierzono prof. dr. hab. Wojciechowi Smoczyńskiemu). W 1994 r. Katedrę Filologii Bałtyckiej połączono z Katedrą Językoznawstwa Ogólnego – w ten sposób powstała Katedra Językoznawstwa Ogólnego i Bałtystyki, którą kierowali kolejno prof. dr hab. Jadwiga Sambor, prof. dr hab. Romuald Huszcza i prof. dr hab. Jadwiga Linde-Usiekniewicz. W 2009 r., w wyniku restrukturyzacji, Katedrę przemianowano na Katedrę Językoznawstwa Ogólnego, Wschodnioazjatyckiego Porównawczego i Bałtystyki (jej pierwszym kierownikiem został prof. dr hab. Axel Holvoet, kolejnym – prof. dr hab. Romuald Huszcza), wyodrębniono m.in. Zakład Bałtystyki, którym w latach 2009–2013 kierowała dr Ana Romančuk, w latach 2013–2014 – dr Inesa Szulska, a od 2014 r. kieruje dr Joanna Tabor.
W listopadzie 2020 roku Katedra zmieniła nazwę na: Katedra Językoznawstwa Ogólnego, Migowego i Bałtystyki. Profesora Huszczę na stanowisku kierownika jednostki zastąpiła prof. dr hab. Jadwiga Linde-Usiekniewicz.
Studia bałtystyczne są prowadzone w Katedrze od 1995 r.; początkowo były to jednolite studia magisterskie, odpowiednio od 2007 r. i od 2010 r. odbywa się nabór na studia I stopnia i na studia II stopnia. W 2012 r. programy studiów zostały zmodyfikowane zgodnie z wymogami Krajowych Ram Kwalifikacyjnych.
Czasopisma i serie wydawane w Katedrze to m.in.: Linguistica Baltica (międzynarodowy rocznik językoznawczy, w latach 1992–2002), Baltic Linguistics (międzynarodowy rocznik językoznawczy, od 2010 r.), Baltica Varsoviensia (monografie i zbiory artykułów, od 1998 r.), Prace Bałtystyczne. Język, literatura, kultura (zbiory artykułów, od 2003 r.).
› Zarys historii warszawskiej bałtystyki
› Badania naukowe prowadzone w Zakładzie Bałtystyki
› Prace doktorskie obronione w Zakładzie Bałtystyki (2009–2014)